Todos los fármacos tienen efectos secundarios. En el caso de la Clozapina los dos principales problemas. El primero es el efecto sobre la formación de células de la sangre. En algunas personas predispuestas la clozapina puede disminuir el número de células de la sangre responsables de defender al organismo en caso de infecciones, razón por la cual todo aquel que tome este fármaco debe hacerse obligatoriamente análisis de sangre períodicos. Se miden las células llamadas leucocitos y, en caso de que el número disminuya por debajo de un determinado nivel, el único remedio es dejar de tomar el medicamento.
Otro problema es el aumento del apetito y del peso, que en algunos casos es muy grando. Resulta muy importante decir que hay pacietes tomando Clozapina crónicamente que son capaces de mantener un peso adecuado. Comer sano y hacer ejercicio previenen de manera eficaz el aumento de peso.
Otro problema menos grave pero molesto es la excesiva producción de saliva, que, en ocasiones mejora disinuyendo la dosis.
En cualquier caso la experiencia clinica no muestra que los pacientes con Clozapina tengan, a largo plazo, más problemas de salud que otros que toman otros antipsicóticos. Datos poblicados recientemente sobre resultados de salud de pacientes con esquizofrenia tratados con antipsicóticos por largo tiempo, demuestran que la mortalidad de pacientes tratados con Clozapina (en esquizofrenia) es menor que la de los pacientes tratados con otros antipsicóticos.
A esto hay que añadir que la Clozapina no produce alteraciones en el movimiento (temblores, rigidez...) y que hay pacientes que no se terminan de estabilizan con otros antipsicóticos, a los que empezar a tomar Clozapina les cambia la vida de forma muy positiva.